马姓开始活跃于河北南部，秦朝初移民陕西，并以陕西兴平（古扶风地）为中心繁衍发展。东汉时马姓已越过武陵山由湖南进入贵州，至南北朝时，马姓已分布在长江以北和西南广大地区。唐宋时代，马姓由河南过江西进入福建和广东，清初入台湾。
宋朝时期，马姓大约有62万人，约占全国人口的0.8%，排在第二十五位。马姓第一大省是山东，约占马姓总人口的14.8%。在全国的分布主要集中于山东、山西、河南、河北，这四省马姓大约占马姓总人口的52.1%；其次分布于陕西、四川、江西，这三省的马姓约占马姓总人口的22.4%。全国形成了黄河流域和江西两大马姓聚集区。
明朝时期，马姓大约有78万人，约占全国人口的0.84%，排在第二十二位。宋元明600年全国人口纯增长率是20%，马姓人口增长比全国人口的增长要快，600年中马姓人口纯增长率高达26%，人口纯增长了16万。明朝时期，山东仍为马姓第一大省，约占全国马姓人口的15.6%。主要分布于山东、浙江、河北、江苏，这四省大约占马姓总人口的48.2%；其次分布于陕西、山西、河南三省，约占马姓总人口的23.8%。全国仍以黄河流域为主要聚集区，但在东南地区的江浙重新形成了另一大块马姓人口聚集中心。